Épisode I

Florence, 1476. C'est le commencement d'une nouvelle époque pour l'Italie et sous l'influence de grands esprits, l'art, la culture et la science rayonnent: c'est la Renaissance. Giovanni Auditore, un Assassin au service des Medicis, père d'Ezio Auditore (le héros du second jeu), tente de déjouer un complot ourdi contre l'un des alliés de son employeur, Laurent le Magnifique. Son enquête le conduit à Milan, où il tente d'empêcher l'assassinat du Duc, mais il arrive trop tard lorsqu'il voit sous ses yeux, à travers la foule durant une messe, le meurtre. Giovanni et l'un des gardes du corps du duc arrivent à éliminer tous les traîtres. Giovanni a échoué, un puissant allié de Lorenzo est mort, mais Giovanni sait où livrer son prochain combat.